１９２２年２月３日，孙中山下令北伐，以李烈钧为参谋长，胡汉民为文官长，朱培德为滇军总司令，彭程万为赣军总司令，谷正伦为黔军总司令。兵分两路：李烈钧率滇、黔、赣各军为第１路进攻赣南和鄂东；许崇清率本部粤军为第２路联合湘军，出湖南，直攻武汉。
陈炯明却勾结吴佩孚，反对北伐，又联合湖南督军赵恒惕，阻止北伐军入湘。他在“库储支绌，亟须统筹收束”的借口下，一次裁兵达２０营之多，这对北伐无异于釜底抽薪。陈对于接济北伐的承诺，以两面派的手法，加以抵制。时近半年，汇至桂林的款不足１０万，子弹未送一颗。
孙中山率北伐军抵达梧州，电召陈炯明来梧面商北伐问题，却遭陈炯明的拒绝。孙中山再派廖仲恺到广州力劝陈炯明赴梧州与孙中山面商北伐问题，陈炯明仍拒绝前往。
孙中山准陈炯明辞去广东省长、粤军总司令、内务部总长之职，保留其陆军总长一职，令其先返海丰家中休养，以示警告。
４月２３日，孙中山返抵广州，即委任陈炯明为北伐军第１军总司令，并向陈炯明表示：“不生异词，必当倚任如前。”他又派伍朝枢、古应芬、居正、廖仲恺、马君武、汪精卫、程潜等到惠州、敦促陈炯明回省城。许崇清、魏邦平、梁鸿楷、李福林、黄大伟、李云复、徐军雁等粤军将领，致电陈炯明，劝其返穗。
但陈炯明拒绝出任北伐军第１军总司令，声称“自今后，息影田庐，躬耕养母。”
陈炯明表面上造成放刀成佛、卖剑买牛的假象，暗地里却积极筹兵备械，图谋不轨，设下“明修栈道，暗渡陈仓”之诡计。他从广州退回惠州时，就从广州兵工厂、永济火药库及汕尾兵工厂带走大批枪支弹药，并在一个月内，添募４０余营新兵，为发动叛乱积极作准备。
孙中山对北伐抱着一息尚存、此志不懈的精神，于５月６日从广州赴韶关督师，设大本营于韶关。他举行北伐誓师大会，发布总进攻令，北伐军分３路６防线，向江西发起进攻。
６月１３日，北伐军攻占赣州，直系军阀陈光远弃城而逃。随后，北伐军进据吉安，直逼南昌。
正当北伐军跃马挥戈、节节胜利之时，陈炯明发动了反革命叛乱。陈炯明部叶举、翁式亮、杨坤如等于５月１８日率部进入广州，设总指挥部于白云山郑仙祠。要求孙中山恢复陈炯明各职，并罢免伍朝枢、胡汉民、蒋尊簋、廖仲恺、谢慧生、程天斗等人之职，革除许崇清军长职务，粤军全部归陈炯明管辖，否则即以武力解决。
孙中山始终动以至诚，采纳汪精卫的建议，任命陈炯明为陆军总长办理两广军务，所有两广军队，悉归其节制调遣。陈炯明仍以两面派的手法对付孙中山，表示：“愿竭能力以副委任。倘有不听吾命令而反对中山者，吾唯有自杀以谢国人”，暗地里却加紧筹饷，并密令叶举诸部接收兵工厂，占领石井军火药库。在粤汉铁路沿线布防，在新街铁路站以南一带抢修碉堡和战壕。
叶举诸部盘踞广州，向财政部闹索饷风潮。孙中山令廖仲恺筹款清还军饷。他们领取军饷后，又故意向省银行强迫兑现，造成挤兑风潮，引起社会秩序的混乱。
乱云飞渡，形势日益险恶。廖仲恺为了稳定广州局势，电请孙中山返穗坐镇，震慑邪气。６月１日，孙中山回到广州，致电陈炯明速来共商大计，陈炯明拒不应命，加紧与吴佩孚勾结。
早在１９２２年４月初，吴佩孚便偷偷地派人去广东，与陈炯明联系，要陈炯明武力反对孙中山北伐。
而此时，吴佩孚又秘密派人与陈炯明密约：吴佩孚在北方驱逐徐世昌，陈炯明在南方推翻孙中山，然后南陈北吴携手，吴为总统，陈为副总统，共同主宰中国政局。
经反复讨论，陈炯明他们认为，要阻止孙中山北伐，就要断其财源，拘捕廖仲恺，锁住“孙大炮的荷包”。１９２２年６月１３日跨出了最后的一步。６月１４日，陈炯明给廖仲恺打来一封电报，假称请廖到惠州领款及协商要事。廖虽然感到陈炯明居心叵测，但为了争取让陈炯明悬崖勒马，于１５日如约前往惠州。他刚抵石龙，陈炯明就密电将廖仲恺扣留，旋将廖囚禁在广州西郊石井兵工厂。
同日，陈手下叶举在白云山调动部队，作好炮击观音山总统府和粤秀楼的准备。孙中山接二连三接到报告：“陈家军将谋不轨，请暂作回避。”但孙中山认为，“其存恶劣当不至此”。直到１６日晨２时，又有一军官向孙中山报告：“粤军各营，炊事已毕，约定２时出发，并声言备足２０万，以为谋害总统之赏金，且言事成，准各营兵士，大放假３日。”
１６日３时，总统府的粤秀楼上已听到敌人出发的号音，于是秘书林直勉、参军林树巍、辎重队长陆志云催促孙中山立即离开。孙中山才化装成医生，出粤秀楼，几经周折，到达珠海海军司令部，旋乘小艇到白鹅潭，登上楚豫舰。
叶举指挥陈家军兵分３路向总统府和粤秀楼发起进攻，震耳欲聋的枪炮声，打破了深夜的宁静。敌人一面用步枪、机关枪、大炮向总统府和粤秀楼狂轰乱射，用煤油烧毁粤秀楼到总统府的栈桥，以断孙中山的退路；一面派兵埋伏于总统府四周民房内，以便孙中山乘车出总统府时，加以狙击，企图置孙中山及总统府警卫队于死地。
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