“哎，差点就赶上通信船了。”
这里是小码头，没有赶上通信船的小智一行人坐在码头边百无聊赖的看着对面的大海，他们因为没有赶上上一班通信船，只能等3个小时下一班再坐船离开了。
无聊看着海面的小霞突然发现不远处游来一只墨海马，立刻扭头说道，“小智你们快看，那里有只墨海马耶。”
“它看起来好像受伤了耶。”小刚则注意到了墨海马身上的伤。
“可是这附近没有神奇宝贝中心，只能先收服它让小刚你帮忙疗伤了。”说着小霞就抛出宝贝球，直接砸中墨海马，将它收服后小智也派出比比鸟将宝贝球捡回来交给小霞。
“谢谢你比比鸟，那么出来吧墨海马。”小霞先是向比比鸟道谢，然后放出来墨海马将它交给小刚治疗。
不过墨海马在小刚怀里很激动，让小刚很难给它治疗。
“等一等小刚，这只墨海马似乎有话说。”小智看着激动的墨海马，连忙叫停小刚，“波导之力，存于吾心，墨海马我能听懂你的话，你可以跟我说明情况，不过也不要激动了，让我的同伴给你疗伤。”
“库克”墨海马听到小智的话先是一奇，然后等等头一边接受小刚的治疗一边和小智说明情况，只是小智越听眉头也皱得越深。
原来这片浅海域之前是玛瑙水母的栖息地，只是最近来了一群人开始在浅海里填海造陆破坏了它们栖息的珊瑚礁，玛瑙水母它们被逼的退到了它们并不适应的深海里。以至于现在逼得走投无路的玛瑙水母们已经准备报复人类，进攻这边的城市以夺回他们的栖息地。
刚给墨海马处理完伤势，众人正在头疼怎么处理这件事时，不远处一艘快船突然发生爆炸，救人要紧的小智和小霞赶紧放出杰尼龟和宝石海星，一个负责查看海里有没有其他的落水者，一个负责用念力托起落水者回到岸边。在一番通力协作下，训练有素的宝石海星就用念力托起三名落水者回到岸上，不过看他们的样子应该是被毒系攻击的陷入麻痹状态。
之后三名落水者在小刚给他们解毒后，三人对小智他们好一番感谢，接着带着小智一行人去见他们的社长汇报工作。
看到三人的社长被四个只穿短裤的男子簇拥着走出来，小智他们惊讶的发现她很像之前在蓝普鲁奇市火箭队三人组打工的老板。而后这名自称银婆婆的社长向小智他们救人表示感谢，接着又介绍了她即将建设完成的超越蓝普鲁奇的观光度假区以及海上的豪华大饭店。
听到这里小智等人就知道了，让玛瑙水母它们失去栖息地的正是眼前的银婆婆。于是小智和银婆婆说明情况，希望银婆婆能让出一部分浅海地带给玛瑙水母它们用作栖息地，可是银婆婆非但不领情还想让小智他们帮忙赶走即将到来的玛瑙水母它们。一番交涉无果后众人不欢而散，就在小智他们要走出大门时就听到喇叭里传出银婆婆用一百万元奖金邀请附近的训练家赶跑玛瑙水母的消息。
“她居然敢这么对可爱的玛瑙水母它们！”小霞听到广播很是生气。
“可爱…”想到玛瑙水母的样子，小刚和小智、皮卡丘都对小霞的奇怪审美有点无语。
“这也是没有办法的事，谁叫她有钱呢，肯定会有接受不了诱惑的训练家的。”小刚说着就看到一大群训练家从他们身边跑过，甚至…
（火箭队经典台词）
没错连火箭队三人组也来凑这个热闹。
“总之，我们先去君莎小姐那里汇报一下情况，希望在事情没有变得更糟之前解决掉。”见此小智提议道，小霞和小刚也都同意，一行人就去附近的警厅找君莎小姐了。
只是没等他们走多远，他们就看到海里出现一大群玛瑙水母将准备驱逐它们的火箭队三人组围住，而后一只玛瑙水母射出一道光束将火箭队的快船轰炸，被船上飞出的一个不知道是什么的桶扣在了身上，接着身上就发出了强烈的白光。
只见白光散去，出现在海上的是一只巨大的毒刺水母，岸上的训练家们看到巨大的毒刺水母破坏了海中正在建设的大饭店，顿时吓得四散而逃。而不知死活的银婆婆还在向巨大毒刺水母攻击着。
“这怎么可能呢？！玛瑙水母进化后，再怎么变也不会变得这么大啊，这都已经超过三十米了。”小刚看着对面正在拆迁的巨大毒刺水母，不敢置信道。
“现在不是说这个的时候，玛瑙水母它们已经攻过来了，小霞和小刚赶紧放出所有的神奇宝贝，把宝贝球交给我，由我来指挥它们，你们赶紧去通知城市的人避难吧。”
小霞和小刚点点头，放出了所有神奇宝贝后将宝贝球交给小智，两人就跑去通知市民避难了。
“好，那么大家也出来吧，波导之力，存于吾心。”小智也放出了身上所有的神奇宝贝，而后用波导之力连接一众神奇宝贝的心，这是小智在路上开发出的一种能力，可以用波导之力不需要发出声音就能把指令传达到神奇宝贝的心底，不过第一次连接这么多神奇宝贝，小智的心神也在快速的虚弱着。
在小智和神奇宝贝们的努力下，打退了一波又一波的玛瑙水母，不过很快墨海马和小拳石、大岩蛇就败下阵来。说到底墨海马还是个刚刚受伤痊愈的宝宝，小拳石和大岩蛇又被玛瑙水母它们属性克制，被几只玛瑙水母围攻下一下子失去了战斗能力。
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