大傻谷的地下溶洞里，小智一行人正朝着地下溶洞的出口走去，可是这时一声巨大咆哮从溶洞深处传来，一个巨大的黑影朝着他们快速袭来。
“皮卡丘，使用十万伏特”小智见此立刻让皮卡丘发起进攻。
“皮卡丘！”原本还在小霞怀里的皮卡丘立刻跳出，接着小霞的肩膀跳到半空发出强烈的电击。
“吼！”受到攻击的黑影顿时发出一声痛苦的大吼，小智等人也接着电光看清了黑影的真面目，正是小智喜欢的化石翼龙。
这只化石翼龙通体灰色，身体长度接近2m，身上的肌肉似乎因为长期的饥饿和缺乏锻炼而有点萎缩，但是从刚才的气势上来看，这只化石翼龙在全盛之时肯定也是一方霸主。
“吼！”只见化石翼龙再次大吼一声，身子发出白光朝小智他们飞来，是猛撞绝招。
“就你现在还想吃了我们？！痴心妄想！皮卡丘电光一闪跳到它背上，用铁尾把它打倒。”小智听懂化石翼龙吼声中的意思，不过对此小智只是报以冷笑。
皮卡丘见那化石翼龙不对自己攻击，径直朝着小智他们飞去，皮卡丘也有点生气了，只见它电光一闪就跳到了化石翼龙背上，“皮卡”接着尾巴银白色光泽一闪，大叫一声重重地抽在化石翼龙身上，化石翼龙又是一声痛苦的吼声，掉在了地上。
“别给它机会，全力的铁尾抽它的脑袋。”小智见机立刻下令，皮卡丘也跳到化石翼龙头上，一个360度转体用铁尾抽在化石翼龙头上，化石翼龙眼前一黑，立刻昏了过去。
“好，去吧宝贝球！”小智见此立刻丢出宝贝球，将化石翼龙收入宝贝球，轻微的几下晃动后宝贝球就传来收服的音效。
收起化石翼龙后小智将卡咪龟暂时传送回大木博士的研究所里，而后跟小霞他们一起走出了出口，在出口处他们还捡到一个神秘的蛋，小智他们也不知道这个蛋还能不能孵化，打算到神奇宝贝中心交给乔伊小姐检查。
之后他们回到刚才坍塌的地方，果然就遇到了前来查看的君莎小姐和乔伊小姐等人，小智不理会觉得奇怪的小茂，拉过君莎小姐和乔伊小姐到一旁说事去了。
“就是这样，所以这个地方的下面有珍惜的化石神奇宝贝，我希望联盟能尽快过来处理。”小智将所有事情都和君莎小姐和乔伊小姐说明。
“原来如此，请你放心小智，我们会立刻通知联盟，让人来妥善处理这些神奇宝贝的。”君莎小姐听完后，郑重向小智保证道。乔伊小姐也点头向小智保证。
“既然如此我就放心了。”对于联盟的信誉小智还是很相信的，然后有对乔伊小姐道，“乔伊小姐，我们在出口发现了一个神秘的蛋，希望等下你有空给蛋做个检查。”
“这个当然没问题，小智你们等下就到这附近的神奇宝贝中心去吧，我会给你们的神奇宝贝做好检查恢复的。”乔伊小姐也点头同意了。
之后君莎小姐以山体随时崩塌为由将所有来这挖化石的人都赶走，小茂虽然对此很奇怪但也没多问就离开了。
等人都走光了，乔伊小姐就抱着小智他们带出来的蛋，带着小智等人来到了神奇宝贝中心，给蛋做了个检查。
检查结果发现一切正常，而且快要出生了，小智他们立刻因为谁来抚育这个蛋而发生了争执，乔伊小姐则带着小智他们的神奇宝贝去治疗室了，当然小智的化石翼龙没有给乔伊小姐，他可不想今晚没地方住。
“这个蛋是我先发现的，应该是我来培育。”这是小智的观点。
“我是饲育家，我能给于最好的照顾。”这是小刚的观点。
“我是女生哎，这里只有我能给它母亲般的温暖。”这是小霞的观点。
三人争执不下，最后决定用猜拳决定谁来培育这个蛋，最后被小刚成功得到了这个蛋。
之后小智给大木博士打了通电话，将事情都交代清楚后，大木博士也夸奖小智处理得当，同时表示会在这事上帮忙的。而后又想让小智他们收服的化石神奇宝贝传送回去给他研究，小霞和小刚表示会和小智一起回去后给大木博士研究，小智则是说等差不多驯服了化石翼龙就会将它送回去。
在神奇宝贝中心休息一晚后，小智等人再次踏上了旅行，在距离大傻谷不远的树林里，小智他们找到一个露营空地后就开始准备训练神奇宝贝了。
小霞和小刚那边还好，新加入的化石盔和菊石兽都还挺温顺的，在小刚的食物攻势下，很快和神奇宝贝们打成一片。
而小智这里，小智先将除化石翼龙外的神奇宝贝们放出来安排完训练内容后，将化石翼龙放了出来。只见化石翼龙一放了出来就飞上天空，对着小智大吼。
“你是说你之前在洞里输给皮卡丘是因为洞里活动范围太小了，施展不开你的手段？”小智看着化石翼龙道。
“吼！”化石翼龙闻言有点好奇这个人怎么能听懂自己的话，不过骄傲的它对此并不否认。
“那么就来试一试吧，这次我跟你打赌，我派火恐龙和你打，如果你赢了我，我就还你自由，”小智看着不服输的化石翼龙道，“如果你输了，你就乖乖的听我的命令。否则我就只会一只将你收入宝贝球里。”
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