在打赢了柚子道馆的阿义得到轮宝徽章后，小智等人再次踏上了旅行，途径一座有着巨大比比鸟和巨大铁甲暴龙的岛屿，他们又遇到了一个使用快泳蛙的训练家小英，小智用电击兽轻松击败后，小英和众人也道别再次踏上了修行之旅。
在道别小英之后，这次小智等人来到了蜜柑岛了，太久没有回归城市的众人都想要好好回味下都市生活。
可是刚上岛附近就发生火灾，在小霞和小智小智以及后面赶来的卡咪龟消防队的努力下，一起完成救火，而消防队的队长拉斐尔先生也邀请小智他们去参观了消防队的训练，小智也在那里颇有领悟。
当然这期间少不了火箭队的多次骚扰，小智也很奇怪他们到底是怎么跟上来的，明明每次都打飞很远，甚至抓去坐牢的说。
之后继续旅行的小智三人，昨天在海上认识了开船旅行的小美，并且受到小美的邀请，来到船上，继续旅行，朝下一个小岛前进。
“今天天气真好啊，大家都出来吧。”上到船上后，小霞照样把神奇宝贝们放出来，大家都到海里去玩了，当然我们的旱鸭子可达鸭还是只能在船上看着。
“你们也出来吧。”小健放出了玛力露、毛球和飞天螳螂，小智也让乘龙它们到海里一起玩，大家一起享受着这个美好的午后。
“皮卡”不过好景不长，突然前方出现了大片的黑云，而皮卡丘的两个脸颊也开始出现电火花。
“大家赶快回来。”海上开始出现风浪，船也因此剧烈的摇晃，小智、小霞和小健立刻收回各自的神奇宝贝，小智抱紧皮卡丘和胖丁，小霞也抱紧波克比，大家只能扶着栏杆，不知道船会飘往何处。
而与此同时，世界各地也出现了各种不同寻常的天气情况，也引起了各类人士的关注。
“居然来到了这里。”虽然海上还是有风浪，不过稍微平稳了一点，小美在船的上方，看着远方说道，“亚细亚岛，橘子群岛海域的尽头。”然后在水流的带领下，大家登上了亚细亚岛。
“终于得救了，也许是我们运气好吧。”从船上下来后，小霞就稍微平复了心情。
“真的得救了吗？”不过这时小健发现了他们远方出现了许多的带着奇怪面具的人，吓了一跳。
“这不是小美吗？”这时其中一个人一边说着一边把面具摘了下来，是一个女人，而且认识小美。
“哎呀，是小优啊。”而小美也认识那个女人，原来是叫做小优，“从曼陀林分校分别后，算起来有五年没见了呢，不过，那种打扮是什么啊。”
“祭典啦，从今天起，岛上会有祭典举行。”小优回答说。
“还是当祭典上吹笛子的女巫吗？”小美一听小优的话，就知道了还是以前的祭典，而且小优是充当吹笛子的女巫。
“引退了，我也不是小孩子了，祭典女孩由我妹妹担任了。”不过小优则是说她不再是祭典女孩了。
“什么妹妹，谁是祭典女孩了，我当姐姐的妹妹真是不幸。”然后就看到远方出现了一个女孩子，不过穿着很现代，而且还带着一幅墨镜，和四周的人群看起来格格不入。
“那是什么打扮，祭典用的衣服呢？”姐姐小优也看着妹妹的衣服不太认同，看来这姐妹俩有点分歧。
“我才不要穿那么老土的衣服呢，而且祭典是从傍晚才开始的。”而妹妹则是回答说。
“真是没办法，呐，这是我的妹妹芙芦拉，这样也能当巫女，是祭典的主角，时代真是变了。”小优向大家介绍了妹妹后，又吐槽了一下，“这几位是？”随后小优看到了小智三人，于是问道。
“哦，他们是神奇宝贝训练家。”小美介绍说。
“神奇宝贝训练家，喔喔…”听了小美的话，大家都激动的欢呼起来，弄的小智他们一头雾水。
“传说中，跟着世界的毁灭，海之神出现，并与优秀的指挥者一起平息诸神的愤怒，指挥者，也就是训练家，你就是那个训练家，这是惯例。”而后从人群中走出来一位老爷爷，并且一边说着，最后指着小智说他是那个训练家，也就是指挥者。
“你是神奇宝贝训练家？”这时，芙芦拉也走了过来，打量着小智。
“你好，我叫做小智。”小智自我介绍说。
“哎呀，不管了，按照惯例，亲一个。”而芙芦拉听了小智的话后，摘下墨镜就要亲过来。
“诶诶诶，等一下。”而小智看着马上要亲过来的芙芦拉，立刻就慌了起来，虽然极力阻止，可还是被亲到了。
“这个是你妹妹？”芙芦拉指着一旁好像快炸毛的小霞，有点不确定的看着小智。
“鬼才是！”小霞立刻就回答了。
“那是女朋友咯！”芙芦拉笑着说道。
“鬼才是！”这次小霞到是红了脸，不过还是否认了。
“没关系，别这么害羞嘛！”芙芦拉笑着把墨镜再次戴上，“不过你会跟着男生到这种地方来，真的是，有品位。”
小智他们听的一愣，没明白这是在夸他们还是损他们。
“来，祭典开始了。”老爷爷这时宣布祭典活动开始了，而小智他们也随着人群加入了祭典当中。
“这边的祭典真的不错啊。”跟着祭典活动了一会儿后，小智他们坐在一旁吃东西休息，小智看着四周热闹的场景说道。
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