以圆朱市为目标的小智一行人，今天依旧精神饱满的持续他们的旅行，路上他们有遇到一个名为小广和他的阳阳玛。
小广的父亲秋夫是当地小镇上的玻璃厂老板，可自从小广收服了阳阳玛后，淘气的阳阳玛经常跑去镇上用音爆攻击镇上居民的玻璃，甚至差点将秋夫辛苦制作的彩色玻璃也给震碎了。
为此秋夫在小智他们和又一次被震碎玻璃而愤怒的村民面前，严厉要求小广抛弃阳阳玛，不过其中的苦衷即使是小智也不好开口。
不过后来小广终究喜欢阳阳玛，不想抛弃阳阳玛，准备找回阳阳玛时却发现不见了，之后镇上就出现阳阳玛破坏玻璃，两个用冰块假冒玻璃的坏人。
假冒的当然是火箭队三人组，他们抓了阳阳玛，强迫阳阳玛使用音爆破坏玻璃，好在在小智他们的努力下成功救下了阳阳玛，小广也终于能指挥阳阳玛了。
在赶跑火箭队后，镇民见小广已经能控制阳阳玛后，也只是嘱咐小广不要再恶作剧后也就原谅了阳阳玛，秋夫也同意留下阳阳玛，而小智他们在事情结束后也就告辞再次踏上了旅途。
之后途中又在一个饲育草系神奇宝贝的城镇结识了一位毽子花的训练家小实，同时得知当地正要举行草系神奇宝贝对战庆典，小智也带着月桂叶一起参加了。
比赛当然很顺利，中间还顺带打跑了用喵喵假扮向日花怪的火箭队三人组，在决赛赢了小实后，小智将奖杯寄回来家里，把奖励一大碗的草之石收入背包后，在小实一家人的欢送下，小智等人再次踏上了旅途。
“哇，好大的果园啊。”一路走走停停，今天小智等人越过了一个小小的高坡，就看到了下方望不到头的果园，这是他们第一次碰到这么大的果园。
“这里结了好多的果子，看起来好好吃的样子。”走近后，望着树上结的红红的让人垂涎欲滴的果子，小霞说道。
“皮卡丘，不要跑太远了，也不要擅自吃人家的果子哦。”皮卡丘这时候已经向前跑去，小智立刻嘱咐的喊道。
“不知道这里的主人会是什么样的人，居然可以有这么大的果园。”小刚也一边走着一边看着四周。
“啊？！×3”小智他们这时赶上了先一步跑过来的皮卡丘，可是在皮卡丘眼前的是四只果核，小智立刻问道，“皮卡丘，这是怎么回事？”
“未经果园主人同意就吃果子的话，是算作偷的。”小刚随后说道。
“皮卡皮卡…”皮卡丘一阵的摇头，指指地上的果核又指指树上，表示不是他吃的。
“你说不是你吃的。”小智对于皮卡丘是无条件的相信，立刻用波导之力探查，果然有一个神奇宝贝的波导在树上。
“终于被我抓到了，你这个恶作剧的东西，专偷水果的小偷就是你了吧。”就在这时一张网子向着皮卡丘网了过去，可是皮卡丘直接跳开了，没有被网住，而后就走出来一位紫色头发，梳着双马尾的少女，少女对着皮卡丘生气的说道。
“啊，太美丽了，就像美丽的让人垂涎欲滴的青涩的果实，小姐真是对不起，小智的皮卡丘犯下了滔天的大罪了。”小刚看到了美丽的少女，没有把持住自己，跳了上去，对着少女说道，并且还替小智和皮卡丘道歉。
“小刚，我知道你又犯病了，但是皮卡丘说不是它吃的就肯定不是他吃的，而且树上确实还有另外一个神奇宝贝。”小智一指头顶的树枝立刻反驳道，而小霞也看出小智和皮卡丘都有些不高兴了，立刻用力扭着小刚都耳朵让他清醒过来。
“可是我明明就看到他在吃水果啊，这些就是证据。”这个时候少女则是发话了，指着地上的果核说道。
“皮卡丘，去把那个真正的犯人抓出来吧！”小智一指那个神奇宝贝的方向，皮卡丘也马上跳了上去，它被别人冤枉可是有一肚子气呢。
“皮丘”很快一个小家伙的身影被皮卡丘从树上打了下来，小智一把接过，居然是一只皮丘，而皮卡丘也落到了小智的肩上。
“这是皮丘？”小霞一脸好奇看着小智怀里的这只长得很像皮卡丘的小老鼠神奇宝贝。
“非常的抱歉，我不该一口咬定他就是犯人的。”少女这时也知道了皮卡丘不是犯人，随后自我介绍道，“我的名字叫做安珠，是这个果园的主人，我是因为辛苦种植的水果被偷吃掉了，所以才气昏头的。”
“没事的，只要能洗脱我的皮卡丘的罪名就好了，”小智和皮卡丘都摇了摇头原谅了安珠，随后小智看着怀里的皮丘道，“小家伙，现在你可以跟我说说，这到底怎么回事了吗？你放心，我能听懂你说的话。”
“皮丘，皮丘皮丘…”小家伙被抓出来了，也不敢反抗，只得一五一十地对小智说明情况。
“皮丘它说，今年这附近树林的果实结实情况很差，附近树林的皮丘们因为饿肚子所以到安珠的果园里来，而果园另一边还有一群皮丘。”小智听完后向众人解释道，皮丘也在一旁点头证明小智的话。
“原来如此，可是…”安珠小姐听了也挺为难的，她不会放任这些可怜的皮丘不管，又不能让自己的果园蒙受更大的损失。
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