但是，粗放式的管理弊端已经暴露的越来越多：一方面是朱翊钧的问题，他在日常生活中，被某事触发一个想头，立即安排张鲸找人进行生产组织，例如他有一天突然想起前世看穿越小说，可以从海带和海肠子中提取谷氨酸钠——就写个小纸条传给张鲸，张鲸就成立一个小加工厂研发生产。
另一方面，是集团管理内部缺乏体制机制和规章制度，张鲸作为朱翊钧授权的“董事长”，眉毛胡子一把抓，尽管提拔了好些人，但是各级职权边界混乱——朱翊钧关注的事儿，一拥而上去揽功；朱翊钧长时间不过问的，就弃如敝屣，成了集团内部斗争的发配地。
第三方面，腐败多发。张鲸深知自己被朱翊钧重点关注，因此谨小慎微，不太敢伸手。而且朱翊钧给他每年开六万两银子的年薪，张鲸在物质上已经很难产生新的需求。
但是集团采购、销售的两个环节，尽管朱翊钧严刑峻法，但抓不胜抓，贪渎者前赴后继。尤其是大厂，财务管理制度不健全，物资管理混乱，以之为生的外围商民，贿赂各级管事，大挖皇帝产业的墙角。
万历三年，朱翊钧派人到钢厂查账，仅焦炭采买和库房管事这两块，就查出来三十多人，贪渎总数近七万两——朱翊钧估计，全产业链的跑冒滴漏，每年当在百万以上。
于是，趁着这国企病还没到病入膏肓的程度，对其进行改组实施正规化管理，势在必行。
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