建极殿大学士孙金鼎、文华殿大学士郑封带着圣旨来到了京城。原本忠于太子的骁骑镇总兵林佳鼎和忠于冀王的虎贲镇总兵浦城侯马宝正在京城正阳门附近激战，蜀国公范友贤、鄂国公严遵诰苦劝不听，后来得知皇帝的病好了，两镇方才罢战，却不肯弃械回营。
“浦城侯，圣上有旨，令虎贲、骁骑二镇立即弃械回营，抗旨者以谋逆论处，汝还在等什么？”孙金鼎冲马宝吼道，他是从龙老臣，皇帝身边的第一红人，素有威望。
“孙公，圣上有无说如何处置我等？”马宝挠了挠头，他天赋异禀，头特别大，一遇麻烦便喜欢挠头。
“圣上未曾说。让汝弃械回营便弃械回营，怎么，莫非汝还敢抗旨不成？”孙金鼎没好气道。
马宝闷声不吭，眼睛盯着脚尖，一副失魂落魄的样子。
郑封扑嗤一笑，“浦城侯怎么还没理解圣意，圣上说抗旨者以谋逆论处，若是遵旨，自然便不是谋逆了”。
“哎呀，多谢郑公提醒”，马宝闻此言如释重负。
“汝若是遵旨弃械归营，老夫和郑阁老都会在圣上面前为汝说情的”，孙金鼎淡淡地说道。
一听这话，马宝放下了心，千恩万谢，率军弃械回营。
听说虎贲镇弃械回营了，林佳鼎不敢抗旨，也乖乖率骁骑镇弃械回营。
皇太子任命的京城守卫都督吴川侯白文选、副都督赵印选知道大势已去，将印信重新交还给蜀国公范友贤和鄂国公严遵诰，上谢罪表等待处理。
外郭的事比较麻烦些，冀王的心腹兴业侯杨辅臣、远安伯陈友龙与太子的部下广昌伯李元胤、宣平伯董方策、总兵赵得胜谁也不肯先弃械，僵持不下。
苏观生急了，谓杨辅臣曰：“汝父在时，尚不敢违逆圣意，何况汝一竖子乎？”
毕竟是多年的老皇帝，还是有龙威的。杨辅臣想起老皇帝的狠辣，打了个寒颤，老老实实和陈友龙一起带着龙虎镇弃械回营；龙虎镇一撤，府军镇也只得遵旨弃械回营。
表面上，帝都南京恢复了平静，可却是满目疮夷，上万百姓枉死，十余万人房屋损毁、无家可归。
为了安定京师民心，老皇帝令五城兵马司巡捕盗贼；禁军上街巡逻维持秩序、帮助百姓修缮房屋；应天府设粥场施粥赈济灾民；太医院赠药防止疫病；大明钱庄向京师百姓发放救灾贷款；又大笔一挥，免了京师百姓一年的赋税钱粮。
一连串的组合拳打下来，总算是稳定了帝都民心。
剩下的便是对夺门之变有罪人员的处理了。
此事影响极恶劣，连皇帝本人都一度被软禁在了乾清宫，不严惩不足以平民愤；不严惩，朕屁股下的那把椅子不稳！可若是真的严办，责任最大的便是太子和冀王，他俩一个囚禁父亲，一个弑杀皇后、逼死兄长，都属于谋逆。可若把他俩定成了谋逆罪，不仅牵涉太广，一大堆官员都要受牵连，就连朕的那四个小孙儿都成了逆党，要削除宗籍的。不行，绝对不行，孙儿们已经失去了父亲，绝不能再受到伤害！
老皇帝犹豫不决，大事不决问郑封，他召来了自己的郑子房。
“郑卿，汝看此事该如何善后才好？朕欲严办，以振皇纲；又恐牵连到几位皇孙，再者，查办的官员过多，恐伤及国本”。
郑封一听“恐伤及国本”便明白了，圣上表面上说要严办，其实并不想处置得太严厉，之所以找自己商量，不过是希望自己赞同从轻发落而已。想想这也是必然，此次涉案的，大多是从龙功臣，圣上并非太祖嫡脉，之所以能承继大统，靠的便是这些从龙功臣们的拥戴，若是惩治的太严厉，恐怕会寒了功臣们的心，动摇光武朝的统治根基。这才是“恐伤及国本”五个字的真正含义。
“陛下说的是，国本一伤，必然地动山摇。当年玄武门之变，太宗皇帝虽然诛杀了建成、元吉，却没有对两人的部下斩尽杀绝，便是这个道理”，郑封说话了。
见他领会了自己的意思，朱亨嘉龙颜大悦，笑着对他说：“郑卿，朕意让汝和余朝相领三法司会审此案，汝办事，朕放心”。
如今，除了郑封和余朝相，尚存的阁臣还有三人。顾奕涉案待审；孙金鼎与关守箴、顾奕素有矛盾，心眼也不大，老皇帝怕他趁机打击报复；苏观生嘛，过于刚直，他若主持此事，恐怕一大半的涉案官员都落不了好。朱亨嘉派郑封、余朝相主持处理此案，用心着实良苦！
郑封、余朝相领着刑部尚书郭之奇、左都御史蔡应昌、大理寺卿张调鼎审理夺门之变涉案官员，审理公堂设在了大理寺，每天都有涉案人员被传唤问话，甚至逮捕，摆出了一副要大办严办的样子，誓要给京城受害的百姓一个交代。
很快，冒犯圣驾的余太、韩如琰，杀死石皇后的陈标、哲布，尸体被枭首，曝尸七日，家中十二岁以上成年男子俱处斩，其余家眷流放四川成都府屯田。又抓获了近百名趁乱烧杀掳掠、抢劫民财的乱军，俱枭首示众。
然后，便是给夺门之变定性了。太子和冀王都受了奸臣的蒙蔽和挑唆，一个以为弟弟要攻打皇宫，一个以为哥哥软禁了父亲，因为误会才诱发了夺门之变，所以他俩都不属于谋逆，也是受害者。
至于奸臣嘛，蒙蔽和挑唆太子的，是建极殿大学士首辅关守箴、武英殿大学士顾奕；蒙蔽和挑唆冀王的，是东阁大学士陈邦彦。关守箴和陈邦彦已经死了，褫夺一切官职封号后不再追究；顾奕还活着，褫夺一切官职封号后，本人流放新北海省。
其他有罪人员，已经死去的，如闽国公严孝勇、宁海伯贺九义、工部尚书萧锜，工部左侍郎张成、总兵张虎等，除爵免官后不再追究；还活着的，如兴业侯杨辅臣、吴川侯白文选、浦城侯马宝、远安伯陈友龙、广昌伯李元胤、宣平伯董方策、总兵赵得胜、赵印选、林佳鼎、兵部右侍郎陈寿、皇家陆军学院协管学士杨威等，除爵免官后，本人流放福州。
另外还有一些涉案的高官，如吏部左侍郎郭凤跹、户部右侍郎唐甄、刑部左侍郎夏汝弼等，因为老皇帝不想将事态扩大，放了他们一马。
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