而此时南云忠一就碰到了这种蛋疼的情况，重巡洋舰利根号的弹射器出了故障，两架水上侦察机延迟了半个小时才起飞。与此同时筑摩号的一架侦察机因为引擎故障也被迫返航，而坑爹的是这三家侦察机前往的海域跟美国舰队息息相关，尤其是筑摩号那架所覆盖的海域，正好是美国海军活动的区域。
当然，站在后来者的角度看，南云在这次的决策中其实还有更大的问题。按道理说，既然知道近藤信竹已经暴露，又知道二式大艇没有完成侦察，不能确定中途岛海域究竟有没有美国特混舰队。那此时他作为机动舰队司令，首先要做的就不应该是去空袭中途岛，哪怕是仅仅派了一小半战机并且把相当部分精锐飞行员留下了，也不应该。
为什么这么说呢？因为从那一刻开始，南云忠一就掉进了一个坑里，究竟是打中途岛还是美国航母，他处于反复被动的挣扎当中。从他这个决策本身来说，似乎就跟米号作战一样准备面面俱到，但问题是日本海军没有面面俱到的能力。
看似留下一多半的精锐飞行员并给剩下的战机装上鱼雷是个办法，一旦等侦察机发现了美国海军就可以立刻出击，与此同时又不耽搁空袭中途岛，似乎是不错。但是细细地想一想，36架舰爆和36架97式舰攻足够搞定中途岛吗？
恐怕是有困难的，而后来空袭行动也证明了这一点，友永丈市大尉后来就报告南云需要对中途岛进行第二波次打击。我们可以试问一下，如果一开始南云就全力出击，恐怕是不需要对中途岛进行补刀了吧？
而南云这个折半的作战策略后来就被证明是相当的蛋疼，攻击中途岛的第一波攻击波返航时，问题就集中爆发了。之前为了打击可能存在的美国舰队，南云忠一下令挂鱼雷和穿甲弹，但是随着中途岛没有被打垮，他不得不进行第二波次攻击，这就要改挂高爆弹。这就是第一次折腾。
而等到侦察机报告发现了美军的航母之后，南云就蛋疼了，为了打击美军航母，只能将高爆弹又拆掉，重新挂回鱼雷和穿甲弹。而与此同时攻击中途岛的第一波次舰载机又正好要降落，除非不管这些飞机让他们全部掉海里，否则南云只能停止起飞作业，改为优先回收舰载机。这时将耽误大量的宝贵时间，更关键的是，让日军的空勤人员疲于奔命，无奈之下只能暂时忘记安全操作规定，将大量的高爆弹丢在甲板上。
可见，南云是一步棋走错了，后面是想改都改不会来了。作为机动舰队的指挥官，从一开始他就不应该蛇鼠两端，要么全力攻击中途岛要么干脆先待命等侦察结果再做决定。不管是选哪一个都比他那个折中的办法强。
当然南云忠一不光是决策有问题，运气也是相当的不好，不光是前面说的侦察机起飞晚了的倒霉事。更糟糕的是，在其发动对中途岛的第一波攻击的同时，从中途岛起飞草莓五号就发现了他的舰队，美国人抢占了先机！
而我们关于中途岛的故事就要从这一刻说起，之前说了，当草莓九号发出那封误导电报之后，尼米兹要求红海军派遣侦察机去相关海域进行侦察。苏霍伊立刻就执行了这道命令，立刻起飞了四架Ro-2前往事发海域。
当时这四架Ro-2往油箱里加满了油，以最快的航速向事发海域赶（为了节约时间），而当他们抵达相关海域之后，很快就发现了近藤信竹的第二舰队。
该舰队规模也是相当庞大的，拥有一艘航空母舰（瑞凤号），两艘水上飞机母舰（千岁号和神川丸号），两艘战列舰（其实是战巡金刚号和比睿号）、八艘重巡洋舰、两艘轻巡洋舰以及21艘驱逐舰和14艘运输舰。
从舰队规模上说比南云的第一航空舰队还要大，当然真实的战斗力方面，南云甩开近藤一条街。可想而知当红海军的飞行员发现如此庞大的一只舰队，而且还确信其中至少有三艘航空母舰时（只辨认除了瑞风号，另外将其他两艘运输舰误认为航母），那乐子可就大了！
是的，当库兹涅佐夫和苏霍伊收到这项情报时，北面的草莓五号还没发现南云忠一的舰队，自然会认为日本舰队的主力在西边。所以他们立刻通知中途岛和夏威夷——发现日军航母编队！
此时就轮到尼米兹坐蜡和做选择了，他很快将这个重要的情报转发给弗莱彻和斯普鲁恩斯，虽然没有明确的命令这两位做什么，但意思也是相当明确的——肯定是希望他们赶紧向西运动，仅靠红海军的两艘航母恐怕不是日军主力舰队的对手。
而就在这封电报发出去没多久，草莓五号的侦察报告也来了，说发现了四艘航空母舰！这下问题就大了，三加四等于七，再联系之前荷兰港（阿留申群岛）报告遭到日军的空袭，那里必然也有日本航母，那这就不对了，鬼子来哪的这么多航母呢？不科学啊！
所以尼米兹当时就意识到了这两份情报中肯定有一份有问题，而他本人更倾向于红海军那边的情报不准确，因为根据他的预判，日本舰队主力还是更可能出现在东北方向，西边的那支舰队应该是个幌子！
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