李过在得知张献忠不会北上后，大失所望，只好无奈地返回开封。他知道其实是张献忠和他手下的将领都对李自成不信任，在张献忠最需要帮助的时候，李自成却反过来要杀掉张献忠，吞掉他的军队。现在怎么可能反过来叫张献忠帮助自己，“叔父啊叔父，你平日里就爱听小人的谗言，要不然张献忠和我大军联手，这大明的天下早就被我们夺下来了。”
过完新年，张献忠便率着六万大军一路南下，沿路州县被纷纷攻克，张献忠所得财物不计期数，前来投靠的山贼，流民也越来越多，人马达到了十万之众。
张献忠大军到了巢县附近，正骑在马上盘算着还要不要继续南下，要不要再攻克一次凤阳。这时，前面的哨兵急匆匆的前来禀报“大王，刘见秀将军的前锋攻打巢县不利，请求大军增援。”
“你说是么？刘见秀的五千先锋竟然没打下一个小小的巢县？还要我大军增援？他是干什么吃的？”张献忠大怒道。刘见秀也是自己麾下一员猛将了，怎么连一个小小的县城都拿不下？
哨兵回道“那巢县知县拒不投降。领着巢县的百姓都上城抵抗我们。”
张献忠狂笑道“一个小小的知县竟然带着百姓抵抗我们，哈哈……真是一群不知死活的东西。去，叫艾能奇将军带上五千人马前去支援，攻下巢县后，屠城！”
巢县城楼上，萧青川挽着袖子拿起石块往城墙下的刘见秀部砸去，嘴里喊道“乡亲们，都给我拿石头砸，砸死这些反贼！”城楼上的两百名弓箭手不停地射箭，一些青壮百姓不停地向城墙下砸着石头，城墙下的流贼满脸血污，不断哀嚎着。
不到一个时辰，刘见秀见城里的百姓誓死抵抗，自己部下损失惨重，正要命令后撤。这时，艾能奇带着五千援军前来了，看到刘见秀部这幅模样，大怒道“传大王令，破城之时，屠尽城中百姓。大炮给我加上，给我轰！”
萧青川看到底下的流贼架起了大炮，眼睛一闭“完了，巢县完了！”一阵阵炮响，巢县的城楼塌掉了一半，城楼上的士兵和百姓惨叫着纷纷掉下城楼去。
萧青川知道城已破，跪在地上，面向京师方向叩头高呼道“皇上，臣无能，不能保住这巢县和众百姓了。唯有以死尽忠而！”说着抽出佩剑，朝着自己的脖子抹去，一道鲜血迸出，顿时气绝。
萧青山的老仆萧三大哭道“老爷，我这就随你去。”说完纵身一跃，跳下了城楼，当场身死。
城中的百姓听到大炮攻城的声音，都面如死灰。青壮都已经上楼御敌战死了，剩下的全是老弱妇孺。
刘小七的媳妇在街上凄厉地大喊道“姐妹们，当日里我等身献贼窝，遭尽侮辱，今日里我等再也不能被贼人任意欺凌了。我的身子虽然已经不干净了，但是我的自尊还在，我今天就以死明志。”说完，一头撞在墙上，脑袋上鲜血直流，“小七，我随你去了。”刘小七媳妇缓缓闭上了眼睛，咽下最后一口气。
其余的妇孺看了纷纷大哭，各自回家悬梁的，投井的不计其数，这巢县城中再无半点生命的气息。
等张献忠率着大军进入了巢县，只见巢县城里到处是尸体，没有一个活人。张献忠问道“怎么屠杀干净了？为何不见女子的尸体？”刘见秀嗫嚅道“不是我们屠杀的，这些都是自尽的。城里的女子要么是投河，要么投井，还有自缢的。”
张献忠听了心下也不免有些恐慌，“都自尽了？这巢县的男人和女人为何都这么刚烈？”他看着这街上到处横七竖八的尸体，气急败坏地说道“大军别在巢县待了，赶紧离开这个鬼地方。”
李定国悄悄吩咐手下几个军士，“去，你们去把那个城楼自尽的县令的尸体埋葬了。”李定国深怕张献忠发狂，再像以前一样，屠城后把自尽而死的朝廷官员再枭首示众。这毕竟是太不人道了，
都说死者为大，人都死了，就不要再糟践尸体了。
张献忠打下巢县后，又攻克下了庐州，并且开始在巢湖训练水军。这下江南震动，崇祯害怕中都凤阳再次被攻克，连忙命令凤阳总督马士英，巡抚路振飞集结所有安徽的士兵前去堵截张献忠，并且命令南都的兵部尚书史可法带领江东四镇兵马支援马士英和潞振飞。
难而，马士英和路振飞聚集到了安徽兵马才有三万人，远远不及张献忠的大军，而且南方士兵久不经战阵，士气低落。张献忠的大军打的马士英和路振飞打败，史可法带着四镇兵马赶来，才稳住了阵脚。
当史可法带着军队进入巢县时，看到城中尸体成堆，如此惨像，不禁潸然泪下，高呼道“上苍啊，我等保护不了大明百姓，都是我等的罪过啊！”
马士英和路振飞脸带羞愧，苍白无力的说道“史大人，我俩是凤阳百姓的父母官，要说怪罪，怪罪我俩好了，史大人千万不要自责。”
史可法摇头道“也不能怪你们，可怜我大明许多百姓，本官只能看着他们自生自灭。赶紧把这些百姓好生安葬了吧，还有那些战死的将士的遗骸一并收敛了。看看着城中可还有活人？”
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