原帖木儿王朝的所有领土，除西波斯以外，都由沙哈鲁统一起来。与此同时，土耳其人、贾拉尔人、土克曼人在西部开始恢复失地。
结果，西波斯的帖木儿后裔不久被土克曼人的黑羊王朝所灭，其领土落入黑羊王朝（据有亚美尼亚和阿塞拜疆）和白羊王朝（据有迪亚巴克儿和阿塞拜疆）手中。
沙哈鲁的控制区只限于河中、阿富汗和波斯东部。
沙哈鲁命其长子兀鲁伯驻撒马尔罕镇守河中，自己则仍以赫拉特为首都。
沙哈鲁当政时，波斯、中亚同中国明朝之间，贡使往来不断，官私贸易十分活跃。但沙哈鲁死后，帝国发生内乱。
在争位战争中，兀鲁伯被自己的儿子阿卜拉·拉迪卜所杀，而后者又被兀鲁伯的亲信杀死。河中地区的政权最后落到米兰沙之孙阿布·赛义德的手中。
而呼罗珊地区则被帖木儿次子乌马儿·沙黑·米尔扎的后代苏丹·侯赛因·拜卡拉所占据。沙哈鲁的王朝遂一分为二。
1451年，阿布·赛义德·米尔扎（AbuSa'idMirzaابوسعیدمیرزا）将大部分的帖木儿帝国旧地统一起来，击败了东部强敌察合台汗国，并且重新将帖木儿帝国的触角伸向了波斯地区。
随后其与盟友黑羊王朝统治者贾汗·沙赫达成协议瓜分波斯。
1466年黑羊王朝君主贾汗·沙赫入侵白羊王朝，被白羊王朝雄主乌宗·哈桑击败，应贾汗·沙赫的要求，阿布·赛义德.米尔扎也加入黑羊王朝一方参与战斗，最终贾汗·沙赫与阿布.赛义德.米尔扎相继被乌宗·哈桑击败，1469年阿布·赛义德·米尔扎被俘后为乌宗·哈桑处死。
阿布·赛义德·米尔扎死后帖木儿帝国分崩离析，呼罗珊帖木儿王朝为海塞因米尔扎所统治，其余的帝国分为艾哈迈德统治下的布哈拉，撒马尔罕，Hissar（三地在艾哈迈德死后分裂），乌马尔米尔扎统治下的费尔干纳，马赫穆德统治下的巴尔赫和米尔扎乌鲁哈统治下的喀布尔。
1500年，术赤（成吉思汗的长子）的后裔昔班尼汗率领乌兹别克族游牧部落攻占布哈拉和撒马尔罕，建立乌兹别克布哈拉汗国，帖木儿帝国灭亡。
1501年，乌兹别克汗国灭河中帖木儿王朝；1507年5月，灭呼罗珊帖木儿王朝。
河中地区形成由乌兹别克人建立的封建王朝。
但帖木儿的家族并没有因此全部消失，帖木儿的五世孙巴布尔以喀布尔为根据地力图复辟，失败后进入印度，于1526年建立了莫卧儿帝国。
从而在一定意义上延续了帖木儿帝国。
这也就导致莫卧尔人对他们一行人并不友好，于是新的一轮追杀开始了。
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