次日，魏忠贤就乔装打扮，和林欲辑悄悄的坐船南下，除了朱由校身边的几个内侍，没有人知道魏忠贤回过京，更不知道他已经南下福州。随后朱由校颁布的一道圣旨，更将朝野的目光吸引了过去。
天启二年七月，朱由校颁旨，免去天启元年元旦前各省百姓所欠赋税，并下令推行新的财税制度，让各省仿照北直隶设置税务机构和财政机构，分别掌管财务收支。
届时，朝廷将派出转运使担任各省税务部门的最高官员，独自掌握税收事务，其他官员不能干涉。同时，为了保证地方政府运作，朝廷还将推行分税法，和各省财政部门按比例分配税务收入。
由于各地组建税务部门和财政部门需要时间，新税法的正式实施时间就选在天启三年元旦。到那时，运作二百多年地方权力构架将发生极大的改变，布政使的权力被牢牢限制在庶政上，如何利用有限的财政搞好本省的经济，将是各省布政使最头痛的事情。
这道圣旨的颁布，标志着朱由校施政思路的改变，也标志着天启变法正式拉开帷幕。在此之前，为了减少利益团体反对，他采用的一直都是温水煮青蛙的方式，悄悄的进行改革，从渔政衙门到北直隶，都取得了不错的成绩。
可东征结束后，施行新政的省份一下子扩大到北直隶、山东、辽东三个省，几乎全天下的人都知道皇帝在变法，再采用以前那种方式已经不合时宜。不但不会起到减少阻力的作用，反而会给有心人可乘之机，让那些心怀叵测之辈造谣生事，中伤变法。
事到如今，朱由校只能与时俱进，大张旗鼓的推动变法。好在过去两年时间里，朱由校都在为变法做准备，不但调整了各省的高层官员，还准备了大批干吏，全面推行变法虽然会手忙脚乱一段时间，却不会像王安石变法那样流于外表，在执行当中严重走样。
除此之外，新军、渔政衙门、东昇粮行这三大机构，分别掌握着政权稳定最需要的军权和钱粮，也给朱由校增添了不少底气，让他不惧变法失败天下大乱。
连续批了几分奏章，又写了亲笔书信给几个关键省份的巡抚打气，朱由校才活动活动手腕，起来疏散疏散疲惫的精神。
自从推行新财政制度的诏书颁布之后，朱由校好像又回到了刚登基的时候，每天一睁眼，都要祈祷没有收到坏消息，稍稍有点空暇，就要召见大臣，或者奋笔疾书，和群臣交流感情稳定政局。
唯一和那时不一样的，就是朱由校变得成熟自信，不再小心翼翼的猜测着大臣的意图，反而多了愿干就干不干滚蛋的霸气。
正放松着，一个小内侍过来禀报，“定远伯熊廷弼求见。”由于平定建虏有功，熊廷弼被册封为定远伯，担任中军都督府都督同知兼军机处参军司郎中，成为朱由校在军事方面的幕僚长。同样原因，担任东征主帅的黄嘉善也被册封为平远伯，和熊廷弼一起成为东征的大赢家。
朱由校微微颔首，走回原位坐下，“传他进来。”前些时他曾交给熊廷弼一个任务，那就是重新设计大明的军事指挥体系，算算时日，也该有些成果了。
功夫不大，熊廷弼就走了进来，一身崭新的伯爵官袍，使得这个湖广汉子多了丝霸气。
只不过，熊廷弼并不是为了军事改革方案来的，行过礼请过安，他就从怀中掏出一份奏章呈给朱由校，“礼部商议配享神庙的大臣人选，却将张江陵排除在外，微臣以为不妥，请陛下三思。”
经过一年多的紧急施工，为万历帝修建的祭庙终于完工，朝廷开始在万历朝名臣中挑选配享人选，虽然不是配享太庙，可也关系到大臣的历史定位，容不得半点退让。为了避免麻烦，朱由校就将矛盾下移，让礼部先拿出一个草稿，准备在朝野达成共识后，再拿来审阅。
既然要评价万历朝人物，江陵人张居正就是个绕不过去的坎，他是万历朝前期的首辅，当政十年，辅弼幼帝，改革弊政，为大明立下了赫赫功劳。
可张居正又是个杯具人物，他改革弊政，就要掌握朝廷大权，可朝政大权是皇帝的，他要掌权，皇帝就要让权，他的辉煌，就代表着皇帝的憋屈。在张居正死后不久，万历帝就夺取了他的追封和恩荫，将其削籍打入另册。连带他的家人故旧，也被大肆株连。
像张居正这样的争议人物，礼部是不敢将他列入配享名单的，其他官员也不愿多管闲事。可是，张居正毕竟是一代名臣，哪怕被降罪削籍，他身后所代表的政治势力也是死而不僵。
别的人担心受到牵连不敢说话，熊廷弼却主动站了出来，到礼部游说此事。东阁大学士兼礼部尚书沈飗不敢答应，就想方设法百般推辞。被熊廷弼逼得急了，就把事情推到皇帝身上，让熊廷弼去游说皇帝，“只要陛下为张江陵平反，我就把他列入配享名单。”
熊廷弼是个二杆子脾气，得了沈飗的话，就一不做二不休，直接将张江陵的事情捅到了皇帝这里，准备走上层路线，让朱由校为张江陵恢复名誉，配享神庙。
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